Het gebied waar de Amstel Tower zich bevindt, heeft een nog slechtere draagkracht dan de rest van de hoofdstad. De tweede zandlaag is nauwelijks aanwezig. Als op deze laag zou worden gefundeerd, zouden heel veel palen nodig zijn. Er is daarom onderzocht of het mogelijk was te funderen in de derde zandlaag die pas 46 m onder maaiveld begint.

Er is een studie verricht naar de beste oplossing voor de palen. Vanwege de grote lengte vielen vibropalen en in de grond gevormde palen af. Ook tubexpalen (schroevend aangebrachte groutinjectiepaal met een permanente stalen casing) zijn overwogen. Deze palen hadden echter het probleem dat de paalpunten niet te dicht op elkaar konden staan vanwege de grondverdringing, wat zou leiden tot een complex palenplan met uiteenlopende schoorstanden. En als er een keer een paal zou mislukken, was er geen plek om een nieuwe aan te brengen. Hierbij kwam nog het reële gevaar van beschadiging door grondverdringing tijdens de uitvoering.

Uiteindelijk is gekozen voor gekoppelde prefab-betonpalen. Daarbij worden twee prefab palen met ingestorte staalplaten gekoppeld en momentvast verbonden met stalen pinnen. Zo zijn in het project Overhoeks eerder al met succes palen van circa 60 m lengte naar de derde zandlaag geslagen. Voor de Amstel Tower volstaan iets kortere palen van 51 m. Het onderste stuk is 37 m, het bovenste deel 14 m.